Magistrantūros studijų programa Inovatyviosios elektros ir automatikos sistemos suteikia žinias apie mokslinių tyrimų eigą, eksperimentinę plėtrą, inovacijas, elektros inžineriją ir elektroniką, žiedinę ekonomiką, mokslo darbų principus, ugdo gebėjimus modeliuoti ir projektuoti elektronikos bei valdymo sistemas. Supažindina su naujausiomis technologijomis: pramonės 4.0 sprendimais, dirbtinio intelekto taikymu, pažangiąja robotika, diagnostika ir ekodizainu. Studentai mokosi pateikti tyrimo idėją ir suformuluoti tyrimo užduotis, sudaryti eksperimento planą, jį įgyvendinti bei pateikti tyrimo rezultatus. Jie turi galimybę atlikti mokslinius tyrimus, dalyvauti mokslinėse stažuotėse ir mokslinių tyrimų projektuose, išvykti į užsienio mokslo institucijas.
Absolventai geba kurti ir projektuoti naujus sprendimus pasitelkdami moksliniais tyrimais pagrįstas žinias ir įgūdžius elektros bei elektronikos kryptyse, įgytos kompetencijos leidžia dirbti sudėtingesnio lygio inžinerinį darbą bei vykdyti mokslinę tyrimų ir eksperimentinės plėtros veiklą elektronikos inžinerijos kryptyje tiek pramonėje, tiek mokslo organizacijose. Yra galimybė tęsti studijas doktorantūroje.